Slavná Maiselova synagoga, která je dnes chloubou expozic Židovského muzea v Praze, byla pro bohoslužbu otevřena po Vysokých svátcích na Simchat Tóra před 425 lety. Byla v té době největší stavbou ghetta. Jejím zakladatelem byl primas pražského Židovského města Mordechaj Maisel, jenž zahájil stavbu v roce 1591 na základě privilegia císaře Rudolfa II. Trojlodní chrám v renesančním stylu zbudovali zlatník Juda Coref Herz a stavitel Josef Wahl.
Šlo původně o soukromou synagogu, která měla po smrti Maisela v roce 1601 připadnou pražské židovské obci. Oproti císařskému příslibu byla však tato budova konfiskována stejně jako další Maiselův majetek. Obec ji získala až po několika desítkách let.
Při požáru ghetta v roce 1689 byla synagoga zničena a následně se dočkala několika stavebních změn. Současnou novogotickou podobu získala v letech 1892 až 1905 při přestavbě podle návrhu Alfréda Grotta.